Witam
Kilka rzeczy wymaga wyjaśnienia:
1) Jeżeli nie masz kluczyka scyzoryka (pilota), a masz oryginalne zwykłe kluczyki, które nie wyglądają jak dopiero co dorobione to raczej nie masz zdalnego centralnego zamka. Tę rzecz możesz łatwo potwierdzić. Otóż nie każdy moduł komfortu ma w obsłudze pilota.
Piszę jak sprawdzić:
Odpalasz VAG-COMa, wchodzisz w część centralnej elektryki [46]

Tam po połączeniu z modułem wyświetli Ci się numer części. Moduł komfortu ma numer 6Q0 959 433 [X]. Ten [X] czyli literka na samym końcu ma kluczowe znaczenie. Tylko moduł komfortu z literką "E" na końcu ma obsługę zdalną! Jeżeli masz H, G, czy coś innego, to nie masz zdalnej obsługi i możesz wtedy wykluczyć po części problem z modułem komfortu. Dlaczego nie na pewno napiszę za chwilę.
2) W polo 9N nie było seryjnie montowanego zdalnego sterowania szybami. Podejrzewam, że gdzieś na forum taki wątek Ci się przewinął gdzie ludzie o tym pisali i próbowali coś sobie dołożyć, aby było to możliwe (między innymi ja). Jednak aby było to możliwe trzeba mieć moduł ze zdalną obsługą (patrz pkt. 1). Układ, który proponował kolega z naszego forum, okazał się (przynajmniej w moim przypadku) wadliwy i właśnie wtedy same opuszczały mi się szyby.
3) Jest jeszcze inna opcja, która w Twoim przypadku wydaje mi się najbardziej prawdopodobna. Wydaje mi się, że poprzedni właściciel mógł próbować dokładać jaką inną centralkę do zdalnej obsługi zamka niejako ingerując w instalację elektryczną samochodu. Może ona mieć taki motyw, że bierze sygnał z innego pilota i powoduje, że oryginalny moduł komfortu, który masz w samochodzie głupieje i opuszcza szyby. Jeżeli to by było to, to wymiana modułu komfortu nawet nie pomoże bo kolejny będzie tak samo głupiał.
Jak dla mnie, powinieneś w pierwszej kolejności sprawdzić jaki masz moduł komfortu. Wystarczy podłączyć się VAGiem. Jeżeli nie masz VAGa możesz odczytać to naocznie, choć jest trochę z tym gimnastyki. Moduł komfortu masz nad pedałami pod deską rozdzielczą. Aby się do niego dostać musisz:
1) odkręcić kawałek kanału nawiewu na nogi (chyba dwie śrubki torx 20) i wyjąć (pociągnąć mocniej).
2) zdemontować czujnik stopu. Przekręcić go w lewo lub prawo o ok. 30 stopni i po prostu wyjąć
3) wyjąć sam moduł. Wysuwa się go z koszyka w stronę fotela. Na module będziesz miał numer. Wtyczki od samego modułu dość ciężko się wypinają, ale na pewno dasz radę.
Jeżeli ktoś coś dokładał, szukałbym tego w pierwszej kolejności pod tapicerką drzwi kierowcy - tam łatwo się dostać do całej instalacji, sterowania szybami.. Ale póki wybebeszysz pół auta, sprawdź jaki masz moduł komfortu.
Pozdrawiam
PS. Jeśli z jakiegoś powodu chciałbyś kupić pewny moduł komfortu bez zdalnej obsługi, to mam taki na zbyciu wymontowany z mojego Polo

W prawdzie 5D, ale wystarczy zmienić kodowanie na odpowiednie dla 3D - VAG-COM wystarczy.